L’Intestin et son Microbiote Intestinal

Depuis longtemps, l’homme pensait connaître tous les organes du corps humain. Pourtant de nouvelles découvertes ont démontré le contraire. Le microbiote intestinal a fait l’objet d’études qui montrent que les bactéries qui le composent jouent un rôle bien plus important que la simple digestion des aliments. Si bien qu’il a été qualifié de « deuxième cerveau » et que l’appellation a été reprise par de nombreux scientifiques, gastro-entérologues, microbiologistes et neurobiologistes. Qu’est-ce qui a pu mener à une telle appellation concernant un organe d’environ 8 mètres, lové dans la cavité abdominale, et d’une surface d’environ 200 m² !

Par sa structure, il ressemble beaucoup au cerveau que nous avons dans le crâne. Toutefois, son réseau de neurones est plus diffus et ne s’étend que dans deux dimensions au lieu de trois pour l’encéphale. De plus, il assure lui aussi une fonction vitale qui consomme de l’énergie et du temps : la digestion.

La majorité des microbiologistes, gastro-entérologues et neurobiologistes s’accordent pour affirmer que l’intestin et les bactéries qu’il contient constituent bien plus qu’un simple conduit de digestion. Il fournit les vitamines, participe au système de défense immunitaire, exprime des sensations que l’on retrouve dans des expressions comme « la peur au ventre » ou « la boule au ventre » et serait capable de jouer sur l’humeur et les sentiments. C’est en étudiant de près le microbiote intestinal que les chercheurs ont estimé que 100 000 milliards de bactéries très différentes peuplaient l’intestin de chaque personne. Ces quelques 100 000 milliards de bactéries formant la flore intestinale appartiennent à plus de 800 espèces différentes !

Très innervé, l’intestin contient également 200 millions de neurones et 2 milliards de cellules gliales (cellules de soutien). Ces bactéries sont même devenues des acteurs majeurs dans la compréhension de certaines maladies telles que l’obésité, le diabète de type 2 ou encore la maladie de Crohn...
La difficulté pour la recherche est que 80 % de ces bactéries intestinales ne sont pas cultivables, car elles vivent sans oxygène, dans un environnement difficile à caractériser et à reproduire, ce qui freine leur inventaire. Dusko Ehrlich de l’Inra, pionnier en France de l’étude du microbiote intestinal, a coordonné le programme européen de MetaHit (2008-2012) de séquençage des gènes microbiens contenus dans l’intestin humain. Grâce à ce programme, il a étudié les gènes du microbiote contenu dans l’intestin de 124 Européens. « Vivant en symbiose avec nous, c’est-à-dire selon un mode gagnant-gagnant, ces bactéries assurent plusieurs fonctions qui nous sont bénéfiques, en échange du gîte et du couvert », affirme-t-il. Elles facilitent la digestion, notamment en dégradant les fibres des fruits, produisent des vitamines, des acides aminés et même une sorte de Valium. Elles protègent également la muqueuse intestinale contre l’installation de « mauvaises bactéries ». D’après cette enquête, les 7 milliards d’habitants peuplant la Terre pourraient être classés, un peu comme avec les groupes sanguins, en seulement trois groupes microbiens. Ces derniers pourraient jouer un rôle dans la prédisposition à certaines maladies.
 
Mais comment ce microbiote a-t-il pu s’implanter dans notre intestin et le coloniser ? « Cette implantation est encore mal connue, mais on pense que les bactéries s’implantent dans l’intestin en fonction des caractères génétiques de l’enfant » indique Marie-José Butel, microbiologiste à l’université de Paris-Descartes. On suppose que c’est lors de l’accouchement, lors de la rupture des membranes protectrices que le bébé est mis en contact avec les bactéries vaginales et intestinales de sa mère. Ces dernières conquièrent alors ce nouveau milieu. Il en est de même, lors d’une césarienne ou à la suite d’un traitement antibiotique. Enfin le régime alimentaire (allaitement ou biberon) joue aussi un rôle. De manière générale, l’implantation de « bonnes bactéries » dans l’intestin se fait d’autant mieux que l’enfant n’est pas soumis à un excès d’hygiène. Or, dans les pays développés, l’excès d’hygiène entraîne une insuffisante d’exposition aux « mauvaises bactéries », aux bactéries pathogènes, ce qui favorise l’apparition plus tard de maladies comme les allergies ou l’obésité. « Nous sommes des êtres hybrides », conclut Philippe Sansonetti, professeur de microbiologie au Collège de France, qui n’en reste pas moins réservé à l’idée que ces bactéries puissent, à l’instar de ce qui se passe chez la souris, changer le comportement et l’humeur.